Das wichtigste, größte und zugleich auch teuerste Musikinstrument an der Antoniterkirche ist wie in jeder anderen Kirche auch die Orgel. Die Orgel der Antoniterkirche wurde 1969 durch die Köln-Mülheimer Orgelbaufirma Peter gebaut. Für die Mensuren zeichnete Prof. Dr. Hans Klotz, für die Intonation Klaus Hilchenbach verantwortlich.

Nach 26 Jahren Betrieb wurde das Instrument 1995 erstmals generalüberholt, und zwar vom Hersteller Orgel Peter.

Nach weiteren 17 Jahren stehen in 2012 eine Grundreinigung und Reparaturen unter anderem an der über 40 Jahre alten Elektrik an. Da für diese Arbeiten die Orgel fast komplett abgebaut werden muss, wird die Orgel bei dieser Gelegenheit klanglich und technisch aufgewertet:

1. Das Instrument bekommt einen neuen Spieltisch.

2. Die Spielhilfen werden um diverse Super- und Suboktavkoppeln erweitert. Oktavkoppeln bewirken, dass zu dem Ton, den der Organist spielt, der gleiche Ton eine Oktave höher oder tiefer dazugekoppelt wird. Solche Koppeln nachzurüsten, ist bei Orgeln mit mechanischer Spieltraktur außerordentlich aufwändig, die neue elektrische Spieltraktur der Antoniterorgel kommt hier sehr entgegen.

3. Die Orgel wird um ein neues Werk, also eine Windlade mit eigenen Registern, vergrößert. Die sieben Register des neuen Werkes sind aber keinem bestimmten Manual zugeteilt, sondern können nach Wunsch auf jedem Manual und im Pedal gespielt werden. Ein solches Register heißt daher Auxiliar (Hilfs-Werk).

Für diese Baumaßnahmen wurde die Peter-Orgel im August 2012 außer Betrieb genommen und im März 2013 mit einem Festgottesdienst feierlich wieder eröffnet.

Obwohl die Gemeinde über Jahrzehnte erhebliche Orgel-Rücklagen geschaffen hat, bleibt eine Finanzierungslücke von 30000 Euro zum Abschluss aller Arbeiten. Somit wird das Schließen dieser Finanzierungslücke Hauptaufgabe des Fördervereins in seinem Jubiläumsjahr und darüber hinaus sein.

Die Werke der Antoniter-Orgel wurden bis August 2012 angesteuert mit so genannten Schleifladen, betätigt durch elektrische Traktur, wobei 256 Setzerkombinationen möglich waren.